XVIII век. В Париже родился необычный человек — Жан-Батист Гренуй. "Он родился в парижской клоаке, под прилавком рыбного рынка. Сброшенный в кучу рыбьей требухи, младенец испытал первый в своей жизни, ни с чем ещё несравнимый шок. Благодаря невообразимому нервному потрясению, он попытался отторгнуть все внешние запахи". Отверженный обществом, через много лет он решает осуществить свои грандиозные помыслы.

Отработав на старого парижского парфюмера Бальдини (Дастин Хоффман) и оставив ему сотню формул духов, Жан Батист, одержимый желанием научиться искусству сохранения ароматов, отправляется во французский Грасс, откуда вышли лучшие парфюмеры Парижа. Там герой ставит поражающий своей жестокостью и хладнокровием эксперимент — он решает создать единственный и неповторимый аромат, способный влюблять, сводить с ума и подчинять себе толпы людей. Это видится возможным только смешав запахи тринадцати девушек, которых он друг за другом убивает и выбрасывает на улицу. Процедура по «извлечению» из них запаха сопровождалась обертыванием обнаженного тела жертвы в намазанную животным жиром кожу и отрезанием волос. Жители городка в панике; городская знать, испуганная такими дерзкими преступлениями, пытается спрятать своих дочерей. Архиепископ, призванный народом для покарания убийцы, выносит ему приговор: преступник будет отлучен от церкви навсегда, он никогда не сможет познать таинства святого причастия и никогда не будет прощён.

Собрав все необходимые «ингредиенты» для будущих духов, Жан-Батист оказывается пойманным отцом (Алан Рикман) последней жертвы — Лауры (Рэйчел Хёрд-Вуд). Народ приговаривает убийцу к смертной казни, однако уже через несколько часов они, ошеломленные ароматом духов, будут преклоняться перед Жаном Батистом, который станет ангелом и новым мессией в их глазах. Перед восходом на эшафот Греную стоило только вылить каплю духов на белоснежный платок, и весь народ, почувствовав пьянящий аромат, признал убийцу невиновным. «Он невиновен», — прошептал палач, упав на колени; отец последней жертвы признал в нём собственного сына. Запах не только спас жизнь Жана-Батиста, но и спровоцировал массовую оргию на площади с архиепископом во главе. Наутро протрезвевший народ все-таки отправляется на поиски убийцы. Однако после четырнадцати часов пыток в преступлениях сознается последний работодатель Жана Батиста. Сам же Гренуй, терзаемый неспособностью любить, отправляется в Париж, где выливает на себя весь флакон духов и оказывается растерзанным безумно влюблённой в него толпой. Происходит это на том самом рынке, где он и родился.